Le BAPE est composé de six membres à plein temps, dont un président et un vice-président. Ces membres sont nommés par le gouvernement.

Lorsque le ministre du Développement durable, de l'Environnement et des Parcs demande au BAPE de tenir une enquête et une audience publique, le président du BAPE forme une commission d'enquête et désigne la personne responsable. La personne qui préside la commission est habituellement un membre à plein temps du BAPE, auquel se joignent des commissaires choisis selon leur compétence à traiter les éléments et les enjeux particuliers au projet soumis. Pour lui permettre de former les commissions en temps opportun et de satisfaire aux exigences des mandats confiés par le ministre du Développement durable, de l'Environnement et des Parcs, le président dispose également d’une liste de membres à temps partiel nommés par le gouvernement.

Pour les enquêtes qui leur sont confiées, les membres sont assermentés et possèdent les pouvoirs et l’immunité des commissaires nommés en vertu de la Loi sur les commissions d’enquête (L.R.Q., c. C-37). Ils peuvent notamment exiger tout document utile à la compréhension du dossier. L’approche privilégiée des commissions consiste cependant à éviter, dans la mesure du possible, l’exercice formel de pouvoirs coercitifs.

Le président assume la direction de l’organisme. Il est assisté par le vice-président, l’assemblée des membres, le secrétaire et directeur général de l’administration et des communications et le directeur de l’expertise environnementale et de la coordination.

Les membres, à titre de commissaires, participent et conduisent les commissions et assurent la gestion des ressources qui leur sont confiées pour remplir leurs mandats.